As empresas de Armazéns Gerais são prestadoras de serviço e, como tais, se submetem aos ISS (tributos incidentes sobre o serviço). Todavia, pelo fato de receberem mercadorias de terceiros, devem obter inscrição estadual para poderem operar as "entradas" e "saídas - retorno simbólico ou não" de mercadorias. Essa operação se sujeita a todas as obrigações acessórias perante as Fazenda Estaduais (verificar o Regulamento do ICMS de seu estado).
Importante salientar que em operações intraestaduais não há incidência de ICMS (Imposto sobre circulação de mercadorias e serviços) nas remessas e nos retornos simbólicos ou não, já nas operações interestaduais o destaque do ICMS é sempre obrigatório, salvo alguns convênios previstos entre os estados, contudo a regra é de que sempre haverá o destaque de ICMS nas operações interestaduais com Armazéns Gerais. Entretanto, o IPI (Impostos sobre produtos industrializados) fica sempre suspenso nas operações com armazéns gerais, devendo incidir somente na venda para o consumidor final.
É necessário destacar que os Armazéns Gerais devem fazer o procedimento de regularização, obtenção da matrícula de Armazém Geral e nomeação de Fiel Depositário, para que não sejam autuados, pois os autos de infração são sempre muitos elevados, de maneira que consideram o valor das mercadorias e não da prestação de serviços.
Para os fiscos Estaduais, quando uma remessa é feita para um armazém geral não legalizado, há sempre a incidência de ICMS na operação, assim o retorno também será tributado. Ocorre que alguns regulamentos de ICMS preveem que se a operação está em desacordo com a legislação do Estado, o contribuinte perde o direito do crédito na entrada para a compensação na saída, o que acaba criando uma bomba relógio no Armazém Geral, visto que este é tributado na devolução "simbólica ou não" e isto vira uma "bola de neve" quando somados ao principal, multas, juros, etc, principalmente quando armazena produtos de alto valor.
É Importante ressaltar que existem dois tipos de armazéns gerais, o Armazém Geral normal, que armazena produtos gerais e é regido pelo Decreto Lei 1.102/1903 e os Armazéns Gerais Agrícolas previstos na lei 9.973/2000 e Decreto 3.855/2001.
A Regularização destes estabelecimentos é feita pelas Juntas comerciais e se dá em dois passos, incluímos um terceiro para dispor sobre as obrigações acessórias posteriores, quais são:
1º fase: Matrícula do Armazém ( Elaboração do Regulamento Interno, da Tarifa Remuneratória, do Memorial Descritivo e do Laudo de Engenharia elaborado por profissional especializado).
2º fase: Nomeação de Fiel Depositário (que é o responsável pelas mercadorias depositadas, este processo contempla o pedido de nomeação pela empresa e a respectiva nomeação pelo presidente do órgão regulatório, após a nomeação o fiel se dirige ao órgão para tomar posse).
3º fase: Escrituração de livros comercias dos Armazéns (Entrada e Saída de mercadorias - Livro de Warrants), além de se escriturar os balancetes trimestrais e anuais de entrada e saída, que devem ser arquivados nas Juntas Comerciais.
As obrigações do item "3", embora estejam previstas na legislação que rege o tema, estão em desuso pelos contadores e empresas, já que a escrituração contábil digital já comtempla esse controle de entradas e saídas, mas algumas vezes os fiscais estaduais e das juntas obrigam as empresas a apresentarem tais obrigações. Além disso, Os títulos "Warrant e Conhecimento de Depósito" também estão em desuso, trabalho com assessoria jurídica na Matrícula de Armazéns gerais há mais de 20 anos e nunca vi nenhuma empresa emitir esses títulos, pois existem títulos mais modernos tais como os previstos na lei 11.076/2004.
